증상
잠복기는 감염 후 7~21일 정도이고 배뇨 시 통증 요도의 소양감, 요도 분비물 등이 나타나지만 드물게는 증상이 없는 경우도 있다.
증상이 없는 임균성 요도염은 치료 없이 호전되기도 하지만 보균자로 남아 배우자에게 전염시킬 위험이 있다. 임균성 요도염은 증상이 뚜렷하지만, 비임균성 요도염은 상대적으로 증상이 약하게 나타난다. 특히 여성 클라미디아 감염자와 성 접촉 후 약 25%는 증상이 나타나지 않는다. 전립선염과 동반된 경우는 회음부 통증 혹은 불쾌감, 음낭통, 하복부 통증 등이 동반된다.

경과/합병증
요도염의 합병증은 부고환염, 전립선염, 항문주위염, 방광염 등이 있고 심한 경우 요도주위 농양, 요도협착을 일으킬 수도 있다.
여성의 클라미디아 감염은 여성요도증후군, 자궁경부염, 질염, 난관염, 골반염, 불임을 일으킬 수도 있고 출산 시 신생아에게 각막염, 결막염, 폐렴, 기관염을 유발시키기도 한다. 최근 요도염 균주에 대한 내성균의 출현으로 치료가 어려워지고 있고 특히 비임균성 요도염의 경우 재발률이 높기 때문에 배우자에 대한 적극적인 치료가 필수적이다.